Здравствуйте.

По скольку камера создает базу данных по имеющимся изображениям, а вы синхронно ее не редактируете, возникает такой момент. Варианты решения:

1. Вместо удаления информации из нескольких папок, просто форматируете флешку на ПК. Неудобство - каждый раз камера будет восстанавливать эту базу данных.
2. Делаете как вы делали, но после установки флешки в камеру, запускаете восстановление БД. Неудобство - два раза делаете одно и то же.
3. На ПК ничего не трогаете. После установки карты в камеру - форматируете.

Какой вариант вам интереснее - решите уже сами. Однако для меня оптимальный - третий.

Успехов!